由于污水源热泵空调是近几年才得以广泛发展的新技术，因此其系统设计对所有的设计者来说都是新问题。污水热能研究所成员近五年来通过大量的实验室研究与工程实践的总结，取得了一些宝贵的设计经验。设计中必然遇到的新问题有：
1. 系统形式的选择
什么样的污水可以直接进机组（直接式系统），什么样的污水只能先与中介清水换热，然后清水进机组（间接式系统）？
冬夏功能是水侧切换还是机侧切换？
2. 取水与排水
考虑到污水源水面标高、机房标高、水压分布、排气等因素开式污水环路的设计计算及设备选型问题。
管路与管路设备的材质与选型。
3. 工况
污水环路、中介水环路、制冷剂环路和冷冻水环路中各节点设计温度，与压强，环路中介质流量的合理确定。此项工作与系统的运行效果及综合能耗关系极大。
4. 污水换热器
由于污水的黏度比清水大数倍，为防堵塞与污染又不可采用适用于清水的加强换热的通常措施，清水换热器设计的经验数据已完全不可用于污水。污水换热器的阻力与传热系数必须根据水质报告和基础的阻力与换热计算公式从头计算。流程数及逆流安排也完全是新问题。
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