一、同目前应用的其他系统相比，海水源热泵系统还存在一定的问题。
1、实施范围受限
其实施条件是：建筑必须近距离地临海；海水有涨有落，取水点也受到一定的限制。
2、水源热泵投资高
海水源热泵的成本，由于增加了直接与海水接触的设备管道的耐腐蚀投资，造价升幅较多；其次，在海水进口侧需增加一些防泥沙、微生物、管道寄生物（如海藻、扇贝）等设施；此外，由于冬季运行时，往往是在大流量小温差的状态下，除了因水泵、管道等设施的口径增加而造成的初始投资加大外，由此而增加的水泵运行费用也不容忽视。据业内人士介绍，除非有政策补贴，否则一般企业很难接受。
以青岛奥帆媒体中心为例，媒体中心的建筑面积为8138平方米，其中海水源技术系统投资为576万元（700元/平方米），比传统空调投资多出150万元（约200元/平方米）。
3、生产厂家少
由于其技术要求高、市场小，国内自主研发海水源热泵的企业不到10家，其中代表性企业如山东富尔达、清华同方等。目前海水源热泵产品的大部分应用是参与一些示范项目，市场工程较少。
4、设备的使用寿命周期有待检验
由于海水的腐蚀性和海浪的波动性，直接与海水接触的设备管道的使用寿命将会受到很大影响，其更换周期可能会缩短。
二、开展海水源热泵需解决问题：
主要有：近海海水温度一年四季随深度变化的具体数据；潮水的高度周期性变化规律；一些可利用海水源热泵系统地区的近海地质情况；如采用海岸打深井抽水方式，应知道单米造价、单井出水量、出水水温、布井间距等数据；如采用密闭盘管换热形式，应做好每米换热量等基础数据测试工作。
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