作为国土资源领域的重点专项规划，也是深入实施国家创新驱动发展战略，《规划》明确，“十三五”国土资源科技创新的总体目标是：深地探测、深海探测、深空对地观测战略科技领域创新能力跻身先进国家行列，土地科技水平显著提升，科技综合管理迈出实质步伐，创新活力竞相迸发，成为引领国土资源事业发展的重要驱动力，有力支撑“十三五”国土资源发展目标实现。《规划》还确立了“十三五”国土资源科技创新发展的主要指标，涉及科技创新能力发展、科技创新平台基地建设、科技创新人才建设等三方面共17项预期性指标。
《规划》强调，向地球深部进军，大力推进地球深部探测，开展深部能源快速高效勘查评价，推进重要矿产资源勘查与高效利用，强化地质灾害防治和地质环境保护；向深海空间拓展，推进深海矿产资源勘查，开展海洋基础地质调查评价，强化海洋环境与极地观测研究；推进深空对地观测，构建全球地理信息资源开发关键技术，推进国土资源卫星观测与应用体系建设，发展国土资源卫星遥感应用关键技术；大力发展土地科技，推进土地资源调查评价与空间优化开发，发展土地资源节约集约与耕地保护技术，加强土地科学与工程基础研究；提升自然资源综合管理水平，优化自然资源综合评价与管理，构建国土资源大数据与智慧国土，健全标准化与质量检测技术；构筑高水平创新平台与基地，强化国家级科技创新平台建设，优化部级科技创新平台建设，深化国际合作平台与基地建设。
《规划》还确定了包括“三深”领域2020年发展目标、深地探测计划、深部地下观测与实验系统、深地资源勘查研究、中央公益性科研院所基本科研业务费专项、地学基础研究等20个重大专栏，将对相关问题进行专题研究。
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